I årene 1346–1353 raste en ufattelig sykdomskatastrofe over den gamle verden, i Europa, Lilleasia (Tyrkia), Nord-Afrika og Midtøsten. Det var en pestpandemi som i samtiden ble kalt dauen eller den store manndauen.
Navnet svartedauen ble tatt i bruk flere hundreår senere, i Norge og Danmark trolig først av Ludvig Holberg i hans danmarkshistorie fra 1732 da for lengst ingen hadde minner om svartedauen. Det nye navnet handlet ikke om at de syke ble svarte på noe vis. Det er antagelig en feiloversettelse av det latinske uttrykket atra mors, der mors betyr død og atra kan bety både grufull og svart, og grufull hadde vært et faglig bedre språklig valg.

Byllepest
Svartedauen var en byllepestepidemi. Pest er egentlig en sykdom blant ville gnagere og skyldes en bakterie som heter Yersinia pestis som spres av lopper. Når pestsyke ville gnagere kommer i kontakt med svartrotter i menneskers nærmiljø, kan sykdommen bli overført til mennesker. Det skjer etter at de lokale svartrottene er døde og loppene ikke finner nye blodkilder.
Loppene avsetter pestsmitte i et nivå av huden hvor den blir drenert gjennom lymfebanene til en lymfekjertel som smertefullt hovner opp til en byll. Det skjer oftest hvor det er mange lymfekjertler, i lysken, armhulen og på halsen. Pest er den eneste sykdommen der det store flertall av syke får byller og kalles derfor byllepest.
Bare vertdyr som får pestbakterier i blodstrømmen kan infisere blodsugende innsekter og være kilder til smitteoverføring ved neste blodmåltid. Omtrent alle pestsyke rotter får bakterier i blodstrømmen og ofte enorme mengder. Rotter er veldig gode kilder til blod som gjør lopper smittefarlige. De fleste pestsyke mennesker får ikke bakterier i blodstrømmen eller bare noen ganske få og vil ikke infisere blodsugende lopper.

Smitte fra loppe til menneske
Hvordan kan lopper overføre pest mot den strie strømmen av et blodinntak? Lopper har også formage, en ventil som hindrer at blodet etter et måltid blir presset ut igjen. Når blodet loppene suger inneholder omtrent 9 millioner pestbakterier per cm3 og loppene inntar nær 4000 bakterier i et blodmåltid, formerer bakteriene seg raskere enn de blir fordøyd og skilt ut i tarmen. Da danner det seg på formagen en hinne av bakterier og blodmasse som kalles en biofilm. Den mer eller mindre blokkerer tilgangen til magesekken.
Når loppen igjen suger blod, slår det med stor kraft mot blokkeringen og slynges tilbake ned i bittsåret med biter av biofilmen. Fordi en blokkert loppe er en dødssulten loppe biter den igjen og igjen og overfører hver gang store mengder pestbakterier ned i bittsåret, slik at det oppstår veldig store samlede smittedoser.
Mange typer blod egner seg ikke for dannelse av biofilm og blokkering, det gjelder blant annet menneskeblod og museblod. Langt fra alle lopper har en anatomi som egner seg for dannelse av biofilm og blokkering. Det gjelder blant annet for menneskeloppen. Det er derfor sterke grunner for at pest ikke spres mellom mennesker med lopper eller lus.
I en del tilfeller bryter pestbakterier ut av byllen og invaderer blodstrømmen som også fører dem til lungene. Der kan det sette seg fast, formere seg og skape sår som gir blodig hoste. Når pestbakterier følger med hosten til en nærstående person, kan vedkommende inhalere pestbakterier og få lungepest. Slik kan det oppstå en smittekjede med infiserte dråper fra hoste. Denne formen er lite smittsom og dør raskt ut, men gjenoppstår stadig på nytt og er en normal liten del av byllepestepidemier. Det er ikke funnet et eneste eksempel på en lungepestepidemi i svartedauen eller senere pestepidemier i denne pandemien.
Lang, umerkelig utvikling
Byllepest har en ganske lang, nær umerkelig utvikling fra den ankommer med en pestinfisert loppe i en svartrottekoloni til det første menneske dør. Først må de fleste rottene være døde. Når loppene ikke finner nye rotteverter, vil de etter noen dager desperat sultne hoppe på mennesker og utløse utviklingen av en pestepidemi. Denne fasen varer omkring 23 dager til det første dødsfallet, men utviklingen av epidemisk form tar nesten like lang tid.
Svartedauen bryter ut
Svartedauen brøt ut våren 1346 i Volgas delta mot Kaspihavet og spredningen kan følges til byen Kaffa på Krym (nå Feodosija) som var en befestet italiensk handelsby. Våren 1347 ble svartedauen fraktet med galeier til hjembyen Genova og videre med skipslast til Marseille og Bordeaux hvor den ankom i midten av mars 1348. Der lå frakteskip og ventet på last. Noen av dem var på vei til den lille byen Melcombe Regis på sørkysten av England, som i dag heter Weymouth, og også underveis til andre reisemål.
Spredningsvei til Oslo
Skipene med svartedauen ankom England omkring 7. mai 1348, men utbruddet blant mennesker ble først tidfestet i en krønike til tre dager før St. Hans. Da var svartedauen for lengst underveis videre med varetransport, også til havnebyer på sørøstkysten hvor det meldes om mange utbrudd alt i september. Det forutsetter at smittefarlige rottelopper var ankommet senest omkring 1. august. Det betyr at skip i retur til Oslo kunne få med seg pestinfiserte rottelopper i lasten (også med pestsyke rotter som snart døde) og mannskapet kunne berette om skremmende opplevelser og rykter.
Svartrotter var de eneste rotter i Norge fram til utpå 1700-tallet. Arkeologer har funnet skjelettdeler av svartrotter i Oslo, Stavanger, Bergen og Trondheim (Nidaros) og også på landsbygda.
Utbrudd høsten 1348
Noe høyst uvanlig skjedde i Oslo høsten 1348. Bymennene kom sammen til ting og bestemte å gi store midler til opprettelsen av et alter i domkirken for St. Sebastian, den store vernehelgenen mot byllepest. Midlene skulle bestyres av byens fremste menn og var betydelige nok til også å finansiere varig driften av alteret gjennom kjøp av gårdsbruk som ga leieinntekter.
Befolkningen ga også uvanlig mange gaver til kirker og klostre i Oslo og omegn høsten 1348 og den følgende tid. Det beviser ikke at svartedauen hadde vist seg og skremt opp folk, det kan være nyhetene fra England som var grunnen. Men det gjør at spørsmålet må stilles og svar søkes i kildene. Tiden for utbruddet og spredningen av svartedauen på Østlandet 1349 vil være avgjørende.
Det er hevet over tvil at 1349 er året svartedauen raste i Norge. Fra tiåret 1339–1348 er det i snitt bevarte i gjennomsnitt 1.6 daterbare dokumenter med gaver til kirker eller klostre, i året 1349 er tallet 18, mens det er ingen i 1350 og 1351. Ingen omtales i kildene som smittet og død i svartedauen i 1350.