Kongene bygde kirker på sentrale gårder som de eide eller hadde konfiskert fra motstandere. Men de aller fleste kirkene ble reist av stormenn på deres egne gårder.
Kirkeordningen fram til midten av 1100-tallet kalles «egenkirkesystemet», fordi kirkeeierne satt med kontrollen over kirken. Innføringen av kristendommen i Norge var inspirert av og bygde på engelsk mønster.
Kirkens frigjøring
I 1152 sendte paven en av sine kardinaler til Norge for å opprette et erkebispesete i Nidaros. Tidligere hadde biskopene vært del av kongens hird. Nå fikk de egne, faste bispeseter i Nidaros, Bergen, Oslo, Stavanger og Hamar. I tillegg ble seks bispeseter på Vesterhavsøyene lagt under erkebiskopen i Nidaros.
Samtidig fikk kirken gjennomslag for mange av sine krav om løsrivelse fra det verdslige samfunnet. Biskoper skulle nå utnevnes av paven, ikke av kongen. Gjennom utdanning, forbud mot å bære våpen og en generell statusheving ble geistligheten klarere definert som en egen gruppe.
Inntekter
Tienden – en avgift på en tiendedel av all kornavling – sikret kirken et stabilt inntektsgrunnlag. Kongene hadde i hundreåret fram mot 1152 gitt kirken mye gods. Nå oppnådde kirken mer reell kontroll over disse eiendommene.
Ut over i høymiddelalderen gav mange bønder jord til kirken som sjelegaver. Rundt 1350 eide kirken om lag 40 prosent av all jord i Norge.
Konflikt med kongene
I Europa førte kirkens frigjøring til store konflikter med den verdslige makten, særlig mellom paven og de tysk-romerske keiserne.
I Norge oppstod liknende konflikter. Kong Sverre ble lyst i bann av pave Innocens 3., og biskopene forlot landet. På dødsleiet oppfordret Sverre sin sønn til å søke forlik med kirken. Dette innvarslet et mer harmonisk forhold mellom kongemakt og kirke i Norge, selv om rivningene vedvarte på 1200-tallet.
Klostrene
1100-tallet var en aktiv tid for etablering av klostre i Norge. Først kom de tradisjonelle benediktinermunkene, som samarbeidet tett med kongemakten. Midt i århundret slo cistercienserne seg ned utenfor byene med mål om å gjeninnføre det apostoliske fattigdomsidealet. På 1200-tallet etablerte tiggermunkene seg i byene.
Et trettitall klostre ble grunnlagt i Norge. Klostrene var brohoder mot europeisk kultur. Skriftlærde munker skrev kongesagaer, kopierte utenlandsk litteratur og ble flittig brukt av kongene i administrasjonen.