Nansens politiske engasjement begynte med det liberale Venstre og endte med det høyreorienterte Fedrelandslaget. Likevel brøt han aldri med fundamentale demokratiske prinsipper. Hele sitt voksne liv kombinerte han norsk patriotisme med verdensborgerens internasjonalisme.
Nasjonsbygging
Det er få tegn til at Nansen engasjerte seg i norsk politikk på 1880-tallet. Men etter at han ble internasjonalt berømt for oppdagelsesferdene sine, opptrådte han som redskap for norske regjeringer i utlandet.
For eksempel undersøkte han i 1898 i hemmelighet mulighetene for en handelsavtale mellom Norge og Russland. Han hadde også signert flere innlegg i The Times i London der norske synspunkter overfor Sverige kom til uttrykk. På denne tiden var Nansen venstremann.
Han deltok i det store norske nasjonsbyggingsprosjektet, men spilte ingen selvstendig politisk rolle før unionen var på randen av oppløsning. Han tok lenge regi fra andre, som historikeren og nasjonalstrategen Ernst Sars eller høvdingen Bjørnstjerne Bjørnson.
1905
Ikke før i 1905 sto Nansen frem som en selvstendig politisk aktør og spilte en viktig rolle. Først banet han veien for Christian Michelsen og hans kompromissløse politikk, som endte i bruddet med Sverige 7. juni. Da Michelsen kom til makten, lot Nansen seg bruke som norsk utsending til Danmark, Tyskland og Storbritannia.
Nansen klarte gjennom sine viktige kontakter i Storbritannia å drive britisk opinion overraskende langt i norskvennlig retning. Han vant en overlegen propagandaseier i britiske medier over svenske utsendinger som også ønsket Storbritannias støtte i unionsstriden.
Kongemakeren
Nansen bidro også vesentlig til å få den danske prins Carl til å takke ja til å bli norsk konge under navnet Haakon VII. Det viktigste med prinsen var at han var gift med Maud, en datter av den britiske kongen.
Høsten 1905 talte Nansen for moderasjon for å hindre krig med Sverige. Han gikk også inn for at Norge skulle bli et kongedømme. Han ga altså opp sitt opprinnelige republikanske standpunkt. En norsk løsrivelse fra Sverige var radikalt nok.
Frisinnede Venstre
Etter at Christian Michelsen mistet makten i 1907, kom Nansen i opposisjon til den kommende Venstre-regjeringen. Han ble med Michelsen og andre inn i det høyreliberale partiet Frisinnede Venstre. Dette nye partiet mente spesialistene burde bestemme i samfunnet, og var bekymret for «amatørene» på Stortinget.
Utover på 1920-tallet ble Nansen, som Michelsen, stadig mer skeptisk til de politiske partiene og parlamentarismen. Han var tilhenger av valg i enkeltmannskretser, uavhengig av partier.
Fedrelandslaget
Nansen deltok derfor, sammen med Michelsen, i oppstarten av det høyreorienterte og nasjonalistiske Fedrelandslaget.
Enkelte forsøkte å skyve frem Nansen som en lederskikkelse og til og med som leder for en «utenomparlamentarisk regjering» i det såkalte Nansen-forsøket i 1926. Det er uklart hvilket forhold Nansen hadde til disse forsøkene.
Mot slutten av livet ble Nansen mer aktivt med i Fedrelandslaget og reiste blant annet på en større turné som del av en langsiktig valgkamp frem mot 1930.
Mot kommunisme og fascisme
Nansens engasjement for Fedrelandslaget må ses på bakgrunn av fremveksten av ekstremisme i samtiden. Arbeiderpartiet var en kort periode medlem av den Moskva-kontrollerte Kommunistiske internasjonalen (Komintern). Nansen advarte sterkt mot kommunismen og andre revolusjonære bevegelser.
Nansen har av enkelte vært fremstilt som høyreautoritær. Men det har vært helt glemt hvor tydelig han også advarte mot tysk- og italienskinspirert fascisme og militarisme. Selv om Nansen var skeptisk til den partidominerte parlamentarismen, var han demokrat.