De danske kongene besøkte sjelden Norge, og i regjeringskretser fryktet de for at dette gikk ut over maktutøvelsen og håndhevingen av lovene. Botemidlet ble stattholderembetet på Akershus, det skulle motvirke de negative følgene av kongens fravær. Stattholderen skulle sørge for at forvaltning og rettsvesen fungerte etter lover og instrukser, men han klarte ikke å følge med i det som foregikk i det store landet.
Styringsproblemene ble akutte som følge av sjuårskrigen, 1563–1570, da misnøyen økte og utløste folkelige protester mot ødeleggelser og skattetrykk. I 1572 utnevnte Fredrik 2. Povel Huitfeldt til stattholder i Norge. Han skulle samtidig være lensherre i det store Akershus len og bo på Akershus slott. Dette ble opptakten til en ordning som ble ført videre fram til innføringen av eneveldet.
Styrking av stattholderembetet
Litt mer vellykket ble det i den første perioden da Aksel Gyldenstjerne var stattholder (1588‒1601), så lenge det danske riksrådet var formyndere for den mindreårige Kristian 4., 1588‒1596. Gyldenstjerne var selv riksråd og hadde en betrodd stilling som mellommann mellom rådsregjeringen og lensadministrasjonen i Norge, særlig som saksutreder i norske saker.
Alle stattholdere etter Gyldenstjerne var medlemmer av det danske riksrådet, og flere av dem hadde som rentemestere vært ledere for den statlige finansforvaltningen i Rentekammeret. De var prominente danske adelsmenn med solid administrativ skolering og spisskompetanse på beskatning og regnskap, som regel i 40-årsalderen da de tiltrådte – de satt i embetet i ca. ti år.
Skatteskruen
Som både kongens og riksrådets mann ble stattholderen særlig brukt til å effektivisere beskatningen av nordmennene. På 1500-tallet hadde de betalt mindre skatt enn danskene, det ønsket konge og råd å gjøre noe med, og det klarte de med stattholderen som saksforbereder og pådriver fra begynnelsen av 1600-tallet til 1660. De som mest drev skatteopptrappingen igjennom, var stattholderne Jens Juel (1618–1629), Kristoffer Urne (1629–1642), Hannibal Sehested (1642–1651) og Niels Trolle (1656–1661).
Det dreide seg om en skatteskjerpelse i flere bølger, slik at skatten ble drevet til værs i kriger og så rett nok redusert etter krigen, men likevel holdt på et langt høyere nivå enn i forrige fredstid. Stattholderen hadde også en aktiv lederrolle i arbeidet med å øke en annen stor statsinntekt, tollen. Særlig gjaldt det en drastisk økning i utførselstollen på trelast, det skjedde i en tid da etterspørselen etter norsk trelast var sterkt økende i Europa.
Administrativ vekst
Alt før innføringen av eneveldet i 1660 organiserte stattholderen et langt større statsapparat i Norge. Mye av denne byråkratiske veksten sprang ut av skatteskjerpelsen: Det trengtes nye embeter og etater for å kreve pengene inn, og nå ble tollvesenet en viktig etat i Norge.
Andre tiltak var ledd i å organisere helt nye statlige aktiviteter. Størst var den militære ekspansjonen, da stattholderen tok initiativet til og ledet opprettelsen av en norsk hær. Dessuten deltok han i etableringen av administrative organ for bergverks- og trelastnæringen, og han startet et nytt postvesen.
Sentralisering av byråkratiet
Stattholderen betydde mye for statsutviklingen i etableringsfasen: Han ledet oppstarten og så til at de nye tiltakene fungerte. Under eneveldet etter 1660 fortsatte virksomheten organisert i fagetater, direkte underlagt kollegiene (kollektive styrer) i København.
Slik gikk det med tollvesenet, som ble lagt under Rentekammeret, mens Danske kanselli voktet nidkjært på sin instruksmyndighet i forvaltningen. Igjen ble stattholderen mindre viktig når nye rutiner var innarbeidd og enevoldskongen ville lede og kontrollere mest mulig fra slottet i København.