I 1922 ble han tildelt Nobels fredspris. Han ble Folkeforbundets første høykommissær for flyktninger, ledet hjemsendelsen av krigsfanger etter første verdenskrig og ledet europeisk arbeid mot hungersnød i Sovjet-Russland.
Krigsfangene
Nansens humanitære arbeid begynte med at han ble utnevnt til Folkeforbundets høykommissær for hjemsendelse av krigsfanger etter første verdenskrig. 430 000 krigsfanger ble sendt hjem i årene fra 1920 til 1922.
Operasjonen ble gjennomført både mer og effektivt og billigere enn forventet. Nansens første humanitære engasjement var en spektakulær suksess.
Ved siden av Nansens og Folkeforbundet hadde Røde Kors og den tyske og sovjetiske regjeringen en stor del av æren for suksessen.
Hungersnøden
Mellom 1921 og 1923 ledet Fridtjof Nansen en rekke europeiske organisasjoners arbeid mot en hungersnød som rammet rundt 30 millioner mennesker i store deler av det sentrale Russland og Ukraina og Nord-Kaukasus. Sannsynligvis døde mer enn fem millioner.
Ekstrem tørke hadde ødelagt avlingene to år på rad, etter at første verdenskrig, revolusjon og borgerkrig hadde utarmet den russiske landsbygda. I tillegg beslagla Lenins kommunister på brutalt vis kornoverskuddet fra bøndene.
Bare delvis vellykket
Selv om rundt 400 000 på det meste fikk matforsyninger gjennom Nansens hjelpeoperasjon, ble ikke arbeidet så vellykket som han og medarbeiderne hadde håpet.
Europeiske regjeringer ga ikke lån som kunne finansiere arbeidet. Et vellykket amerikansk hjelpeprogram sto for mer enn 80 prosent av forsyningene fra utlandet, mens Nansens europeiske prosjekt fremskaffet rundt 13 prosent. Nansens engasjement ga likevel nyttig erfaring.
Flyktningene
I 1921 ble Nansen også utnevnt til Folkeforbundets første høykommissær for flyktninger. Opprinnelig var Nansen høykommissær for kun russiske flyktninger. Definisjonen på en flyktning var en person som hadde mistet beskyttelse i en hjemstat, vedkommende måtte ikke som i dag bevise forfølgelse.
Nansens høykommissariat for flyktninger arbeidet utover på 1920-tallet for å få inkludert nye grupper i definisjonen av en flyktning. Armenske flyktninger ble inkludert, det samme gjaldt visse mindre flyktninggrupper. Blant dem som ikke kom med, var rundt 100 000 sentraleuropeiske flyktninger, mange av dem jøder.
Nansenpasset
Nansenpasset bidro til å hjelpe hundretusener av mennesker til en bedre tilværelse. Det ble utviklet av Høykommissariatet for flyktninger som ID-dokumenter for flyktninger uten statsborgerskap. Sovjetmyndighetene besluttet i 1922 å frata russiske flyktninger statsborgerskapet, slik at de risikerte å bli stående uten pass og dermed uten grunnleggende rettigheter.
Derfor ledet høykommissæren en prosess som i 1922 ga regjeringene som ønsket det, mulighet til å utstede egne identitets- og reisedokumenter. Det skal ha blitt utdelt ca. 450 000 slike Nansenpass.
Nansenpassene utdeles ikke lenger, men det finnes identitetsdokumenter og reisedokumenter for flyktninger som utstedes av nasjonale myndigheter og FN. Fra 1926 ble det folkelige navnet Nansenpass også dokumentenes offisielle betegnelse.
Nansenpasset har hatt stor betydning. Ordningen er grunnsteinen i all moderne internasjonal flyktninglovgivning, og FNs høykommissær for flyktninger fører sine aner tilbake til Nansen.